В 1927 году образован Пустомержский сельский Совет.
В ноябре 1928 года при укрупнении сельских Советов Ленинградской области к Пустомержскому сельсовету присоединен Тормовской сельсовет.
В 1939 году входе проводившейся ликвидации национальных сельсоветов к Пустомержскому сельсовету был присоединен Тикописский сельсовет ( бывший национальный – эстонский).
С августа 1941 года по февраль 1944 года деятельность Пустомержского сельского Совета приостановлена в связи с оккупацией района немецко-фашисткими захватчиками.
В 1954 году прошло укрупнение сельсоветов. Пустомержский и Среднесельский сельсоветы были объединены в один – Пустомержский сельсовет
Основание : Указ Президиума Верховного Совета РСФСР от 16.06.1954 года.
С 1939 года по 1973 год – исполнительный комитет Пустомержского сельского Совета депутатов трудящихся.
На основании указа Президиума Верховного Совета РСФСР от 18.04.1973 года исполнительный комитет Пустомержского сельского Совета депутатов трудящихся подчинен исполнительному комитету Кингисеппского городского Совета депутатов трудящихся.
С 07.10.1977 года исполнительный комитет Пустомержский сельский Совет народных депутатов исполкома Кингисеппского городского Совета народных депутатов.
С 24.12.1991 года исполнительный комитет Пустомержского сельского Совета народных депутатов ликвидирован, создана администрация Пустомержского сельского совета народных депутатов мэрии Кингисеппского района.
Основание : Указ Президиума верховного Совета РСФСР от 22.08.1991 года № 75 « Об упразднении полномочий исполкомов сельских Советов» ; Распоряжение главы администрации Ленинградской области от 21.11.1991 г. № 54 –р «О прекращении полномочий исполнительных комитетов» ; Распоряжение главы администрации Ленинградской области от 02.12.1991 г. № 77-р « О прекращении полномочий исполнительных органов».
С 09.10.1993 года прекращена деятельность сельских Советов народных депутатов.
Администрация Пустомержского сельского Совета народных депутатов мэрии Кингисеппского района реорганизована в Пустомержскую сельскую администрацию мэрии Кингисеппского района.
Основание 6 Указ Президента Российской Федерации от 09.10.1993 г. № 1617 «О реформе представительных органов власти и органов местного самоуправления в Российской Федерации»; Постановление мэра Кингисеппского района от 14.10.1993 г. № 949 «Об изменении названий сельских администраций».
С 18.01.1994 года – администрация Пустомержской волости мэрии Кингисеппского района.
Основание : Указ Президента России от 26.10.1993 г. № 1760 «О реформе местного самоуправления в Российской Федерации» ; Постановление главы администрации Ленинградской области от 18.01.1994 г. № 10 « Об изменениях административно- территориального устройства районов Ленинградской области» .
С 01.01.1997 года – администрация Пустомержской волости муниципального образования «Кингисеппский район».
С 29.12.1999 года – администрация Пустомержской волости преобразована в администрацию Пустомержского административного округа муниципального образования «Кингисеппский район».
Основание : Устав МО «Кингисеппский район» ; Постановление главы муниципального образования «Кингисеппский район» от 29.12.1999 года № 773 « О присвоении наименований территориальным подразделениям администрации МО в соответствии с уставом МО «Кингисеппский район».
С 01.01.2006 года – администрация Пустомержского административного округа муниципального образования «Кингисеппский район» преобразована в администрацию муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» муниципального образования «Кингисеппский муниципальный район» Ленинградской области.
Основание : Областной закон от 28.10.2004 г. № 81-оз «Об установлении границ и наделении соответствующим статусом муниципального образования Кингисеппский муниципальный район и муниципальных образований в его составе».
С 19.03.2009 года – администрация муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» Кингисеппского муниципального района Ленинградской области.
Основание : Устав муниципального образования «Пустомержское сельское поселение»; Решением Совета депутатов муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» № 11 от 15.03.2009 года .
С 01.01.2011 года переход от бюджетного типа учреждения в казенное ,организационно – правовая форма – учреждение, администрация муниципального образования «Пустомержское сельское поселение» Кингисеппского муниципального района Ленинградской области.
